In EM leben über 80 verschiedene Arten von aeroben und anaeroben Mikroorganismen in einem Gleichgewicht zusammen, bei dem die Einen von den Stoffwechselprodukten der Anderen leben – eine so genannte selbstreinigende Mischung.
Photosynthesebakterien: Die wichtigsten Vertreter der Effektiven Mikroorganismen sind die Photosynthesebakterien. Das sind unabhängige, sich selbst erhaltende Mikroorganismen. Sie bauen nützliche Substanzen aus Sekreten von Wurzeln, organischem Material und/oder schädlichen Gasen (Wasserstoffsulfid) auf. Dafür nutzen diese Sonnenlicht und Bodenwärme als Energiequellen (Licht/Wärme von unterschiedlichen Wellenlängenbereichen wird durch verschiedene Farbstoffpigmente absorbiert). Die von den EM produzierten Substanzen enthalten Aminosäuren, Nukleinsäuren und bioaktive Stoffe.
Milchsäurebakterien: Milchsäurebakterien kommen bei Menschen und Tieren vor. Sie besiedeln den Verdauungstrakt und verschiedene Schleimhäute. Sie bauen sowohl mit als auch ohne
Sauerstoffzufuhr Kohlenhydrate (Zucker) zu Milchsäure ab.
Viele der verwendeten Mikroorganismen, wie die Milchsäurebakterien, werden zum Teil schon seit Jahrhunderten in der Lebensmittelveredelung eingesetzt, wie beispielsweise bei der Herstellung von
Wein, Brottrunk, Bier, Sauerteig, Sauerkraut, Saure Bohnen und anderes Sauergemüse oder Sauermilchprodukte wie Joghurt, Quark und Buttermilch.